Los más frecuentes son la tendencia al sueño, la dificultad de concentración y la sensación de mareo. Suelen aparecer al inicio del tratamiento y están relacionados con la dosis, por ello se les conocen como dosis-dependientes. No son graves y desaparecen al disminuir dosis o suspenderlos.
Para evitarlos los FAE se administran al comienzo en dosis muy bajas y se van aumentando lentamente hasta alcanzar la dosis correspondiente para ejercer una protección eficaz contra las crisis epilépticas. Con frecuencia se desarrolla tolerancia, es decir, adaptación del organismo a la sustancia, mejorando o desapareciendo los síntomas, por lo cual no es necesario cambiar de FAE.
En muy pocas ocasiones los efectos secundarios pueden ser graves. Estos son como reacciones alérgicas, ya que dependen principalmente de las características biológicas del individuo, y suelen ocurrir en las primeras semanas tras introducir el FAE. Son impredecibles. Los más frecuentes son erupciones en la piel. Ante esta circunstancia, sin suspender bruscamente la medicación, se debe consultar de inmediato al médico, ya que, a veces, llegan a ser graves. Obligan a cambio de FAE.
Requieren un periodo de exposición al medicamento prolongado. Guardan relación con la cantidad administrada, pero no suele establecerse tolerancia. Los más comunes son variaciones en el peso, caída de cabello, inflamación de encías, hirsutismo, litiasis renal y, pocas veces, alteraciones cognitivas. Exigen valorar cambio de FAE.
Todos los FAE en mayor o menor grado pueden alterar el desarrollo fetal y provocar malformaciones, pero si se abandonan ante el conocimiento de un embarazo el riego de crisis epilépticas y de un estado epiléptico (crisis continuada) es muy alto.
Este incidente es altamente peligroso para la madre y para el feto. Lo más correcto es programar la gestación y, antes de quedar en cinta, que el neurólogo, si es el caso, haga las modificaciones oportunas para simplificar, reducir o cambiar el tratamiento. El ácido fólico ejerce un cierto efecto protector en la población general, en especial en defectos del desarrollo del tubo neural, y por ello se aconseja desde antes de la gestación, aunque no existe evidencia de efectividad absoluta.